Работа с ГМО в контролирани условия се извършва от лицата, получили разрешение от министъра на околната среда и водите, в регистрирани помещения, съгласно Закона за ГМО. Разрешенията се издават за всеки отделен случай на работа с ГМО в контролирани условия и за всеки отделен клас на работа с ГМО, когато има положително становище на Консултативната комисия по ГМО. Заявената работа от клас 2 може да започне незабавно след подаване на заявлението, когато ще се извършва в помещение, за което има издадено разрешение за клас 2 или по-висок клас работа с ГММ и са изпълнени всички негови условия.
 
Заявителят може да поиска писмено разрешение от министъра на околната среда и водите, което се издава в срок 45 дни от подаване на заявлението. Заявената работа от клас 2 може да започне 45 дни след подаване на заявлението или по-рано с писмено съгласие на министъра на околната среда и водите, когато ще се извършва в помещение, за което няма издадено разрешение за клас 2 или по-висок клас работа с ГММ. Работата с ГММ в контролирани условия от клас 3 и 4 и клас Б работа с ГМО, различни от ГММ, не може да започне преди получаване на разрешение от министъра на околната среда и водите. Регионалните инспекции по околната среда и водите (РИОСВ) извършват първоначална инспекция на помещенията за установяване адекватността на предпазните мерки. Въз основа на извършената инспекция РИОСВ изготвя протокол и при необходимост предлага конкретни промени в предпазните мерки.
Консултативната комисия по ГМО проверява достоверността и пълнотата на информацията, съдържаща се в подаденото заявление, точността на извършената оценка на риска и на определения клас на работа в контролирани условия, управлението на отпадъците и мерките за спешни действия при аварии. Комисията изготвя становище и го представя на министъра на околната среда и водите до:
1. тридесет дни от подаването на заявление за клас 2;
2. тридесет дни от подаването на заявление за класове 3, 4 или Б, когато работата ще се извършва в помещение, за което има предишно издадено разрешение за работа с ГМО от класове 3, 4 или Б и всички условия в него са спазени;
3. шестдесет дни от подаването на заявление за класове 3, 4 или Б, когато работата ще се извършва в помещение, за което няма предишно издадено разрешение за работа с ГМО от класове 3, 4 или Б.
След изготвяне на становището по заявления за работа от класове 3, 4 или Б министърът на околната среда и водите организира обществено обсъждане, което се провежда не по-късно от тридесет (четиридесет и пет) дни. Не по-късно от 30 дни преди датата на обсъждането в един централен всекидневник, чрез местните средства за масово осведомяване, чрез поставяне на обяви в съответните кметства в района на местонахождението на помещението за работа с ГМО в контролирани условия от клас риск 3, 4 или Б, както и на интернет страницата на МОСВ се обявяват предметът на обществено обсъждане и мястото, където необходимата информация е на разположение на заинтересуваните лица. В известието се обявяват и датата и мястото, където ще се проведе общественото обсъждане. Всяко лице може да представи становище по предмета на обсъждането писмено или в електронна форма. За участие в общественото обсъждане се канят и заявителят или негови представители и членовете на комисията. При общественото обсъждане се води протокол, който се прилага към документите за издаване на разрешението.
Министърът на околната среда и водите издава заповед за вписване на помещението в регистър на помещенията за работа с ГМО в контролирани условия или прави мотивиран отказ в срок:
1. четиридесет и пет дни от подаване на заявлението за клас 2;
2. четиридесет и пет дни от подаване на заявлението за клас 3, 4 или Б, когато работата ще се извършва в помещение, за което има предишно издадено разрешение за работа с ГМО от класове 3, 4 или Б и всички условия в него са спазени;
3. шестдесет дни от подаване на заявлението за класове 3, 4 или Б, когато работата ще се извършва в помещение, за което няма предишно издадено разрешение за работа с ГМО от класове 3, 4 или Б, като срокът не тече в периода на общественото обсъждане.
Срок за предоставяне на услугата: 45 дневен срок /до 75 дни удължено обществено обсъждане за ГМ микроорганизми клас 2 и за микроорганизми клас 3 и 4 и др. ГМО клас Б, когато работата ще се извършва в помещения, които не са регистрирани.
Разрешението за работа с генетично модифицирани организми в контролирани условия и внос на генетично модифицирани организми с цел работа в контролирани условия може да бъде получено на място в ЦАО, на посочен точен адрес, в случай, че е заявено получаване чрез лицензиран пощенски оператор или по електронен път, съгласно НОИИСРЕАУ.
Срок на действие на документа/индивидуалния административен акт: В зависимост от времетраенето на конкретната дейност.